2007 йили "Ҳазрати Имом" мажмуасидаги ёдгорликлар қатори Бароқхон мадрасаси ҳам буткул қайта таъмирланди.

2016 йилнинг апрель-май ойларида ҳам мадрасада муайян таъмирлаш ишлари амалга оширилди. Жумладан, мадраса гумбазлари қайтадан кўк рангли кошинлар билан қопланди. Табиий омиллар натижасида мадраса деворларида пайдо бўлган ёриқлар йўқотилди.

Бароқхон мадрасаси XIV-XVIII асрлар оралиғида босқичма-босқич қурилган, кейин яхлит бир иморат шаклини олган. Қадимшунослар унинг асосан уч босқичда қурилганини аниқлашди. Бинонинг биринчи бўлаги бош пештоқнинг чап тарафидаги номаълум мақбарадир. XIV аср иккинчи ярмида Самарқандча услубда тикланган.

Иккинчи бўлаги 1531–1532 йиллари қуриб битказилган. Мадраса гумбази «Бароқхон» ёки «Кўк Гумбаз» деб аталган. Уни Суюнчхўжанинг тўнғич ўғли Муҳаммад отаси учун солдирган.

XX асрнинг 50-йилларида Бароқхон мадрасаси Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний назорати ихтиёрига берилди. Мадраса биносидан 1956–2006 йиллари диний идора қароргоҳи сифатида фойдаланилди. Ҳозир бу ерда миллий ҳунармандчилик устахоналари, савдо расталари ишлаб турибди.